Самый крупный архив фанфиков, безусловно, - http://ficbook.net/, число фанфиков в котором постепенно подбирается к миллиону. На фикбуке представлены фанфики по тысячам фэндомов, так что, если по вашему фэндому что-то есть - на фикбуке оно скорее всего будет.

Но есть у фикбука три больших недостатка. Во-первых, закон Старджона никто не отменял и чтобы найти что-то нравящееся вам на фикбуке придется перелопатить кучу не нравящегося. Во-вторых, фикбук - универсальный архив, поэтому специализированных тэгов по конкретным фэндомам ("Гарри Поттер на Слизерине", "Кроссовер Ranma1/2 и Tenchi") нет. Ну и в третьих, на фикбуке есть отнюдь не все. Многое (причем, зачастую, лучшее) размещается только на личных страничках авторов или в тематических архивах.

Универсальные архивы

Самый большой универсальный архив фанфиков рунета - hogwartsnet.ru. Самая большая подборка, как и следует из названия, - фанфики по поттериане, но наряду с ними в архиве присутствует неплохая подборка фанфиков по книгам, фильмам, аниме, причем для каждого фэндома есть возможность выбирать фанфики по персонажам (плюс стандартные критерии - рейтинг/размер/жанр и т.д.).

Еще один архив, название которого не соответствует содержанию - snapetales.com. В архиве преобладает поттериана, но хватает и творчества по другим фэндомам. Общее количество фанфиков - небольшое, поиск - неудобный.

Существует масса других небольших универсальных архивов: fanfics.info, fanfikin.ru, nebograd.ru и т.д. Как правило, с поиском плохо, но встречаются оригинальные тексты. Если хочется найти что-нибудь оригинальное и экзотичное, а Ficbook c Hogwartsnet-ом закончились - можно поискать и здесь.

На многих анимешных сайтах есть более или менее объемные библиотеки аниме-фанфиков: на animefan-city.ru, anisekai.ru, animeoftheworld.ucoz.ru. Фанфиков не слишком много, но здесь чаще встречаются специфические тексты, написанные большими поклонниками конкретного аниме...

Тематические архивы

Одним из наиболее богатых фанфиками фэндомов является поттериана. Самый богатый архив фанфиков по "Гарри Поттеру" в рунете - http://www.fanfics.ru/. Этот архив отличается не только безумным количеством российских и переводных фанфиков, но и богатой структурой тэгов, с возможностью выбирать фанфики не только по персонажам, но и по событиям, в т.ч. довольно экзотичным ("Гарри становится вампиром", "Гарри в Азкабане" и т.д.).

Других архивов фанфиков по поттериане тоже хватает - Слизеринский форум, Семейные архивы Снейпов, Армия Запретного леса, Гарри Поттер и волшебный форум, Форум Четырех Основателей и т.д. Выбор фанфиков на этих сайтах беднее, поиск отсутствует как факт или беден и неудобен, но иногда там встречаются оригинальные тексты, отсутствующие в других архивах.

А вот с архивами фанфиков по "Звездным войнам" в Рунете откровенно бедно. Мне удалось найти lordvader.org (но там представлены в основном малоразмерные фанфики) и http://www.imperialbastion.ru/ (фанфики любопытные, но их не слишком много). Наиболее удачные крупные фанфики по миру "Звездных войн" разбросаны по универсальным архивам и самиздату.

Мир "Властелина Колец" в свое время был широко популярен и породил массу фанфиков (хотя поклонники Профессора не называют свои произведения фанфиками). Самый богатый архив фанфиков по Толкину - eressea.ru, но его уже несколько лет не обновляют. Неплохие подборки текстов есть на www.kulichki.com/tolkien, но его тоже уже давно не обновляли.

Фэндом "Ранмы 1/2" тоже переживает не лучшие свои дни. Единственный нормальный архив - ranmafics.ru, содержащий преимущественно переводы иностранных фанфиков и обладающий неплохим интерфейсом поиска. Некоторые тексты время от времени появляются на форумах kawaii-club.org и mikata.ru, но часть текстов представляет собой перепосты с ranmafics.ru.

Крупнейшим российским архивом фанфиков по Neon Genesis Evangelion является Библиотека EnE с возможностью поиска по персонажам. Неплохую подборку фанфиков можно найти также на asukastrikes.ru и rei-clan.ru.

Не слишком большой фэндом "Саги о Форкосиганах", тоже породил некоторое количество фанфиков, размещенных на Лавке миров.

Какое-то количество фанфиков есть и по мартиновской "Песни льда и пламени". Их можно найти на Вестеросе.

Вообще Рунет богат фанфиками. Есть архивы фанфиков по покемонам, Dragon Age, Секретным материалам, Star Trek и еще раз по Star Trek, Sailor Moon (и еще раз по Sailor Moon) в целом и только по Темному Королевству, Трансформерам, "Отблескам Этерны" и еще раз по "Отблескам Этерны", античной истории и античным мифам, Battletech и даже по сериалу "Бедная Настя". Но, поскольку эти фэндомы мне малоинтересны (или совсем не интересны), про соответствующие архивы ничего особенного сказать не могу.