Тёмные отметины черепах происходят от присутствия пигмента-меланина. Это может быть заметным на щитках прямо после вылупления. Если тогда этот пигмент присутствует как пятна, тогда последние обычно изменяются по ходу взросления рептилии. Меланин может вытянуться и образовать полосы, подчёркивая необычный узор таких черепах как лучистая черепаха (Astrochelys radiata). С другой стороны, некоторые виды черепах, тёмные как взрослые, в молодости окрашены более светло. В случае угольной черепахи (Chelonoidis carbonaria), меланин накопляется по ходу роста, т.ч. у взрослых особей этого вида панцирь становится черновато-коричневый с бледным пятном в центре каждого щитка.
Отметки у черепах индивидуальны и разнообразны и могут демонстрировать географическое пристрастие. Например, леопардовые черепахи (Stigmochelys pardalis) из Эфиопии значительно бледнее в своей окраске, чем их родственницы из других частей ареала этого вида. Эти конкретные отметины остаются на всю жизнь, хотя, особенно у водных видов вроде красноухой пресноводной черепахи, привлекательная окраска малышей может выцвести, когда они вырастут. Этот феномен наиболее заметен у видов из рода Trachemys, и особенно - у самцов. Затемнение панциря есть вторичная половая черта у этих черепах, и поэтому у них можно легко отличить самцов от самок.
Ненормальное отсутствие меланина, которое приводит к такой черте как альбинизм, случается редко, но всё-таки случается у черепах. Несколько альбиносов-каймановых черепах было найдено по всей Северной Америке, от Канады до штата Флорида. В неволе, размножающаяся пара пресноводных чернобрюхих черепах из Аргентины успешно породили потомков с такой же необычной окраской, и вероятно, что, как и у других рептилий исследования покажут, что эти мутации являются рецессивным типом с точки зрения унаследования генов.
Альбиносы бывают и у сухопутных черепах, включая пустынного западного гофера (Gopherus agassizii) и балканскую черепаху (Testudo hermanni). Морские черепахи, логгерхед и зелёная, (Caretta caretta и Chelonia mydas) также встречались с "неправильной" окраской. У некоторых зелёных черепах потеря пигмента была неполной. Черепахи с такой окраской часто более уязвимы на воле, будучи более заметными для потенциальных хищников. Поэтому они менее вероятно смогут выжить, чтобы успешно размножиться и передать по ходу дела свою мутацию новому поколению. За исключением чернобрюхих пресноводных черепах, похоже, что нет по-настоящему удачного способа передавать эти окрасочные варианты размножением в неволе, в отличие от змей, и они остаются очень редкими. В некоторых случаях дальнейшие исследования могут показать, что цветовые аберрации сами по себе могут быть не генетическими, но ответной реакцией на факторы окружающей среды.