До 6 февраля адмирал Колчак находился в иркутской губернской тюрьме. Измученный многочасовыми допросами, он почти не спал. А за стенами тюрьмы решалась его судьба. К тому времени 5-я красная армия находилась ещё довольно далеко от Иркутска, а вот каппелевцы были гораздо ближе. 6 февраля передовой отряд самых отчаянных белых офицеров прорвался к станции Иннокентьевская, в четырех километрах от Иркутска. Их основной целью являлось освобождение из плена адмирала.
А.А. Ширямов, председатель Военно-революционного комитета города Иркутска, срочно телеграфировал об этом председателю Реввоенсовета 5-й армии И.Н. Смирнову. В сложившейся ситуации комитетом было принято решение о расстреле адмирала. Ждали только его, Смирнова, одобрения. Смирнов не захотел взваливать на себя груз ответственности не его уровня и тоже обратился за одобрением к Склянскому, помощнику и заместителю председателя Реввоенсовета Льва Троцкого. Склянский направил запрос напрямую к Ленину, который и решил судьбу адмирала Колчака.
Около четырёх часов утра в камеру к Колчаку вошли несколько красноармейцев во главе с начальником гарнизона Бурсаком. Они сообщили, что есть постановление местного Военно-революционного комитета о том, что его и бывшего председателя Совета министров Виктора Пепеляева решено расстрелять. Колчак довольно спокойно принял это известие и лишь спросил: "Что, без суда?". Ему ответили, что без суда.
Ранним утром 7 февраля 1920 года красноармейцы привели Пепеляева и Колчака на расстрел к притоку Ангары Ушаковке. От предложения завязать глаза, адмирал Колчак отказался, предпочитая встретить смерть достойно, глядя ей в лицо. После первого залпа грянули ещё два - для верности. Адмирал и премьер-министр Пепеляев упали замертво в снег. В пятидесяти метрах от тюрьмы была прорубь, где обычно полоскали бельё. Безжизненные тела Колчака и Пепеляева положили на сани, свезли к проруби и спустили в Ангару. Так оборвалась непростая судьба русского адмирала Александра Васильевича Колчака. Надгробной плитой для "Верховного правителя" стал слой сибирского льда напротив Знаменского монастыря города Красноярска.
Спустя два с небольшим месяца, весною, когда только началось снеготаянье, местные мальчишки, бегая по талому льду Ангары, заметили их тела подо льдом и сказали об этом своим родителям. Пришли взрослые, вроде это были казаки, и извлекли тела из-подо льда. Казаки строго-настрого велели мальчишкам держать языки за зубами. По этой версии казаки под покровом ночи в тайне похоронили Колчака и Пепеляева недалеко от церкви, на территории Знаменского монастыря. Анну Васильевну Тимирёву, освобождённую в 1920 году по октябрьской амнистии, в мае 1921 года снова арестуют, и она проведёт в тюрьмах, лагерях и ссылках в общей сложности 40 лет.