Договорная грамота, 1514 г. (Нац. корпус русск. языка)
1) Существующая этимология
а) Викисловарь
Корень: -клеть-. Значение: простая деревянная конструкция, образованная положенными друг на друга венцами из брёвен; особое помещение при избе или отдельная нежилая постройка для хранения имущества; горн. подъёмное устройство для транспортирования шахтных вагонеток и людей.
б) Викисловарь
Корень: -клетк-; окончание: -а. Значение: сооружение или помещение, стены (стенки) которого состоят из решёток - параллельных друг другу или пересекающихся прутьев, палок и т. п.; отдельная ячейка поверхности, расчерченной рядами пересекающихся линий.
Этимология общая по Максу Фасмеру
Происходит от праслав. *klětь, от которого в числе прочего произошли: ст.-слав. клѣть ж. (др.-греч. οἰκία, οἴκημα), клѣтъка, русск. клеть, клетка, укр. клiть, клiтка, болг. клет "клетка, ногреб", сербохорв. кли̏jет (род. п. кли̏jети) ж. "чулан", словенск. klet ж. "погреб", чешск. klec, kletka, словацк. klietka, польск. kleć "хижина, шалаш, клеть", klatka, в.-луж., н.-луж. klětkа "клетка для птицы". Родственно лит. klė́tis "кладовая", латышск. klẽts - то же (заимствование дало бы лит. *klietis, латышск. *klèts). Далее родственно лит. klaĩmas "крытая рига с овином". С другим задненёбным: лит. šlìtė "лестница", at-šleĩmas, -šlaĩmas "передний двор", греч. κλισία "хижина, палатка", лат. clītellae мн. "вьючное седло", ирл. clíath "сrаtеs", готск. hleiþra "палатка", др.-в.-нем. leitara "лестница". (???)
в) Материалы для словаря древнерусского языка. Труд И. И. Срезневского. Санкт-Петербург, 1893, с. 1226-1229
Обширные примеры из Нового и Ветхого Завета, переводной и богослужебной литературы, летописей и актов XI-XV вв.
* Повесть временных лет по Ипатьевскому списку (вторая треть XI в. - 1110-е): "и ѿ нихъ клѣти и ѡдрины и не бѣ двора идеже не горѧше. (и) не бѣ льзѣ гасити. вси бо дворѣ възгорѣшасѧ".
* Устав князя Ярослава Владимировича (редакция Комиссионного списка НПЛ) (середина XI в. - XII в. [c переработками]): "⁂ Аще жена ѹ мѹжа крадеть а ѡбличить ю. митрополитѹ, г҃ гривны. а мѹжь казнить ю. а про то ихъ не разлѹчити. Аще клѣть покраде(т). тако(ж̑) сътворить єи".
* Духовная Акулины, жены князя Федора (XV в.): "Во имꙗ ѡц҃а и сн҃а и ст҃го дх҃а. се азъ раба бж҃ьꙗ кюлена. ѿходꙗ. сего света ѹчини(х) радъ. животѹ своємѹ и ѡц҃не своєи. и дворѹ своємѹ. и клети своєи на городе...".
* Купчая игумена Чухченемского монастыря Василия у Якова Баева на половину участка в Глухом погосте (1450-е - начало 1460-х): "и далъ игуменъ василеи. ꙗкову на тои земли. три сороки бѣлки. свинью пополонка. а на избѣ да на клѣти. да на ѡвини дѣсѧть бѣ(л̑)".
* Д. И. Фонвизин. Медведь [перевод басни Л. Хольберга с немецкого] (1761-1765): "Медведь за преступление посажен был в маленькую и худую клеть, вместо темницы".
* Н. М. Карамзин. История государства Российского: Том 1 (1803-1818): "Клети, или горницы, с обеих сторон дома разделялись помостом или сенями; спальни назывались одринами".
* Л. А. Травин. Записки (1806-1808): "К пристройке приготовил я несколько лесу, купил в Красногородском уезде анбар за семь рублев, который перевезши своими крестьянами, построил горницею поземною, для тепла и жительства зимнего, также скотный двор со всеми службами, два хлебных клети наконец ".
* Зрѣлище природы и художествъ. Часть IV. (1785): "Лошадей большую часть года кормятъ въ конюшнѣ; но рогатой скотъ и овцы зимою только содержутся въ клѣтяхъ: кормъ ихъ состоитъ отъ части въ свѣжей травѣ, а отъ части въ сѣнѣ и въ другихъ земныхъ плодахъ.
* архиепископ Платон (Левшин). Слово в день Владимирския Богородицы (1777)
Не только стоя во храме, или запершись во внутренней клети твоей, можешь ты молитися: но и на всяком месте, во всякое время, при всяком твоем деле, сердцем своим, духом своим, или воспоминая имя Божие...
* В. Т. Нарежный. Бурсак (1822): "В саду твоем, Ермил, заметил я в углу клеть, где, вероятно, хранятся садовые и огородные орудия".
* митрополит Стефан (Яворский). Проповеди (1700-1722): "Трудно цвету не вянути без земли: трудно птичке в клетке сидети, аще и изобильно корму имать".
* В. М. Головнин. Записки Василия Михайловича Головнина в плену у японцев в 1811, 1812 и 1813 годах (1813): "Мы увидели большой, почти совсем темный сарай, в котором стояли клетки, сделанные из толстых брусьев, совершенно подобные клеткам птичьим, кроме величины; притом темнота не позволила нам обозреть их вдруг. ... Клетка моя казалась ему раем против тех, в которых были заключены Хлебников, Симонов, Васильев и Алексей и откуда его перевели ко мне".
* Ф. В. Ростопчин. Ох, французы! (1812): "В Англии сажают на площади в клетку, у нас берут с них по чину бесчестие".
б) В. В. Виноградов. История слов. Часть
Клеть, клетка. Наряду с процессом обогащения основного словарного фонда, между прочим и за счет народно-областной лексики, наряду с процессом образования новых идущих от него словарных групп - протекают и процессы иного характера, состоящие в утрате, исчезновении слов основного словарного фонда... Трудно сомневаться в том, что такие слова, как клеть (ср. совр. клетка), входили в основной словарный фонд русского языка, вероятно, вплоть до XVIII в. (ср. параллели из других славянских языков в "Этимологическом словаре" А. Преображенского (1, с. 318); Berneker E. Slavisches etymologisches Wörterbuch. Auft. 2. Heidelberg, 1924, S. 517-518; ср. примеры из древнерусских памятников у И. И. Срезневского (1, с. 1227). Во всяком случае в "Словаре на шести языках, российском, греческом, латинском, французском, немецком и английском, изданном в пользу учащихся российского юношества" (СПб., 1763), находим следующий перечень слов в разделе (XVIII) "О зданиях": здание, город (град), ворота (врата), рогатка, или подъемная решетка (в городских воротах), башня, крепость, замок, дом, царские палаты, клеть, шалаш, труба и т. д. (с. 128). Слово клетка постепенно деэтимологизируется, отрывается от слова клеть и, обрастая новыми значениями, входит в основной словарный фонд национального русского языка.
3) Обобщение и вывод
Согласимся с выводом В.В. Виноградова, о процессе утраты первичных корней, в следствии чего термины "клеть, клетка" воспринимаются как разные слова, однако "первичные корни" в данных словах явно библейские, о чем собственно свидетельствуют приведенные примеры из Ветхого и Нового Завета.
Вывод
Целесообразно рассмотреть термины "клеть, клетка" в связи с терминологией иврита и библейскими образами.
4) Терминология иврита и библейский образ
а) Терминология
Приведем термины в форму близкую к грамматике иврита, и выделим корни.
Общий вид
русск. КЛѢТЬ, КЛЕТКА = КЛѢ+ТЬ, КЛЕ+Т+КА = ивр. К.Л., КАЛА כָּלָא закрывать, заключать, удерживать + ТА, Т תָּא ячейка, комната, клетка + КА כְּ подобие, соответствие, как; т.е. ограничивать человека, животное, птицу - действием, удерживать на ограниченном пространстве: в комнате, в клетке, в огороженном помещении, цель - избегать физического контакта.
б) Источник
+ Лексикон по Стронгу и Дворецкому; https://www.obohu.cz/bible/index.php?styl=WEC&hs=...
* ТА תָּא мн (мн. ТАИМ תָּאִים , также ТАОТ תָּאוֹת ) - 1 ячейка (во всех ее значениях). 2- комнатная, купе (особенно в Храме). Ложа. [Вместе с Арамом. ТАУА תַּוָּא תַּוָּנָא , Сыр. תָּוָנָא (= клетка), заимствовано из Акки. tā′u (= комната).] Производные: ТАИ, ТАИТ תָּאוֹן תָּאִי , תָּאִית . ср. תָּוָן.
* ТЕА תֵּאָה чтобы обозначить границу; ТЕА תֵּאָה он обозначил границу. ХИТА הִתְאָה он провел линию, очертил. Вероятная производная: תַּאֲוָה ᴵᴵ . [Вторичная форма תוה].
+ Еврейский и халдейский этимологический словарь к книгам Ветхого Завета, Вильно 1878; с. 210, КАЛА כָּלָא удерживать, останавливать ход, действие, препятствовать, не допускать, заключить, запереть; заточение.
в) Библейский образ
* 1Цар 25:33: "Благословенна мудрость твоя и благословенна ты за то, что удержала (КИЛТИНИ כְּלִתִנִי от КАЛА) меня сегодня от кровопролития и самоуправства".
* Иер 32:2: "Тогда войско царя вавилонского осаждало Иерусалим, а пророк Иеремия был заключен (КАЛУ כָלוּא, от КАЛА) на дворе стражи при дворце царя Иудеи".
Таким образом, русские термины КЛѢТЬ, КЛЕТКА искусственные, составленные из двух корней иврита КАЛА+ТА = К.Л.+Т.; основное значение - удерживать что-либо (имущество, вещи, инструмент), кого-либо (человека, животное, птицу) на ограниченном пространстве, ограничивать движение.