По одной из гипотез барионная асимметрия Вселенной (преобладание вещества над антивеществом) возникла в первые мгновения после Большого Взрыва, в результате чего парные частицы и античастицы, например, электрон и позитрон, аннигилировали, что означает их взаимную ликвидацию с превращением в энергию, а избыточные частицы сформировали материальные тела. Впрочем, вероятен и вариант искусственной асимметрии античастиц образовалось столько же, но лишние скрываются в тёмной материи, и их освобождение приведёт к самоуничтожению Вселенной.

В произведении Магическая стажировка представлена вторая версия, при этом основная сюжетная линия (рискованные приключения, трагические, забавные и загадочные происшествия, борьба лучезарных со зловещими, всемогущая сила любви, меняющая мироощущение) пересекается с научными понятиями (биология, Космос, психология), изложенными популярно. В описываемом фантастическом мире ловушки античастиц (Пеннинга и Иоффе-Притчарда) предстают в виде загадочных Сокровищниц, таинственный скрытый Омут олицетворяет тёмную материю, а буйный вселенский великан играет роль гигантской планеты Юпитер, периодически разбрасывая астероиды, за что получает по заслугам. Однажды и настоящему буяну не повезло в 1994 году с ним столкнулась комета Шумейкеров-Леви 9. Чёрные дыры, кварки, антикварки и эмоции тоже живут своей жизнью.

В первой части трилогии лишь упоминается о чёрных дырах и туннелях в них, о нестабильности конгломератов (соединений) античастиц, рассмотрены некоторые биологические и физические явления. Во второй части рассказывается об уникальных космических феноменах параде и противостоянии планет, расширении Вселенной, предположительно связанном с воздействием на галактики тёмной материи и тёмной энергии, обсуждается вероятность предсказанных некоторыми учёными глобальных катастроф и возможность их преодоления.

В теоретической физике допускается присутствие в чёрных дырах Кротовых Нор, иначе называемых Червоточинами. Эти пространственно-временные туннели возможно пролегают между разными Вселенными или между прошлым и будущим. Предполагается и существование некой экзотической материи с отрицательной плотностью энергии, вызывающей антигравитацию (отталкивание материальных частиц), в результате чего полупроходимые (динамические) Кротовые Норы превращаются в проходимые в обе стороны (статические). Аналогичная неординарная мантия существенно влияет на развитие сюжета в третьей части романа. Там же затронуты свойства кварков, неоднородная структура Вселенной (космические пустоты Войды, галактические Стены и Нити), а также природа эмоций и последствия, возникающие из-за их отсутствия:

И влачат эмоциональные дальтоники правильное унылое существование, без взлётов и падений, без душевных порывов и мечтаний, без благодатной гармонии. Никчемность бытия есть удел горемык, лишённых эмоций.